专项资金审计只有确保审计的资金量和项目数，缩小审计视野的空白和死角，才能摸清专项资金使用的基本情况；另一方面，针对专项资金管理使用过程中的薄弱环节和突出问题查深查透，加强对账外较深层次问题的延伸检查，以确保专项资金审计的工作质量。

三是专项资金审计与其他审计工作相结合。

在具体工作中可以采取专项资金审计与预算执行审计、任期经济责任审计相结合等多种方法加强对专项资金的审计，监督资金的管理和使用，追踪审计决定和建议的落实情况，促进被审单位加强管理，提高专项资金的使用效益。

四是常规审计与应变突发事件审计相结合。

专项资金不仅发挥着政府投资的宏观导向作用，同时对于应付突发事件，如传染病疫情、洪水等也发挥着举足轻重的作用。审计部门只有加强对审计干部应对突发事件的快速反应能力的培养，才能在关键时刻临危不乱，真正发挥审计机关的监督服务职能。在日常审计工作中应注重分析与调查，分析资金使用过程中的薄弱环节和问题易发点，总结专项资金管理使用各环节的规律性，推广成功的做法和经验，从而在非常时期迅速开展专项资金的审计工作。

五是审计与调查相结合。

鉴于专项资金审计自身的特点，涉及相关部门和单位较多，审计机关要及时调查了解专项资金管理和使用单位的基本情况，加强同相关部门的联系，摸清资金使用流向和监管方式，听取有关部门对审计工作的意见和建议。这样做不仅有利于审计部门开展工作，更有利于日后提出有针对性的审计建议，推动专项资金使用的规范化进程。